Для обновления всех установленных пакетов используется команда apt-get upgrade. Она позволяет обновить те и только те установленные пакеты, для которых в репозиториях, перечисленных в /etc/apt/sources.list, имеются новые версии; при этом из системы не будут удалены никакие другие пакеты. Этот способ полезен при работе со стабильными пакетами приложений, относительно которых известно, что они при смене версии изменяются несущественно.

Иногда, однако, происходит изменение в именовании пакетов или изменение их зависимостей. Такие ситуации не обрабатываются командой apt-get upgrade, в результате чего происходит нарушение целостности системы: появляются неудовлетворённые зависимости. Например, переименование пакета MySQL-shared, содержащего динамически загружаемые библиотеки для работы с СУБД MySQL, в libMySQL, отражая общую тенденцию к наименованию библиотек в дистрибутиве, не приводит к тому, что установка обновлённой версии libMySQL требует удаления старой версии MySQL-shared. Для разрешения этой проблемы существует режим обновления в масштабе дистрибутива — apt-get dist-upgrade.

В случае обновления всего дистрибутива APT проведёт сравнение системы с репозиторием и удалит устаревшие пакеты, установит новые версии присутствующих в системе пакетов, а также отследит ситуации с переименованиями пакетов или изменения зависимостей между старыми и новыми версиями программ. Всё, что потребуется поставить (или удалить) дополнительно к уже имеющемуся в системе, будет указано в отчёте apt-get, которым APT предварит само обновление.

При работе с Sisyphus для обновления системы рекомендуется использовать командуapt-get dist-upgrade.